安徽工程勘察院成立于1986年，由安徽省地质矿产局第二水文队三分队组建成立，早期名称为安徽地质工程公司，主营工程地质勘察、水文地质勘察、水井施工。

1990年机构调整，整体划为安徽省地矿局直属事业单位（正处级），并经原地矿部批准更名为地矿部安徽工程勘察院，取得建设部工程勘察甲级资质。

1997年，因战略性结构调整，地矿部安徽工程勘察院与327地质队等五个处级单位合并组建新的327地质队，同时保留安徽工程勘察院番号。

2002年，取得住建部工程勘察综合类甲级资质。

2021年9月公司更名为安徽工程勘察院有限公司。